Le pratique du médecin remplaçant : CPS, ordonnances, arrêts de travail, CFE, TVA
Mis à jour le 17 octobre 2026 · 8 min de lecture
Le contrat est signé, le remplacement commence lundi. Restent toutes les questions pratiques : avec quelle carte facturer, sur quelles ordonnances prescrire, comment faire un arrêt de travail, et ce que l’administration attend de vous ensuite. Voici les réponses, sources officielles à l’appui.
Avant le premier remplacement
- carte CPS : elle vous est envoyée automatiquement après votre inscription au Tableau de l’Ordre ; la e-CPS, sur téléphone, peut la compléter ;
- Assurance Maladie : inscrivez-vous auprès de la CPAM, puis signalez-lui chaque remplacement ;
- Urssaf : déclarez votre début d’activité, soit par le guichet unique des formalités d’entreprises (qui vous attribue un numéro SIRET), soit par l’offre simplifiée réservée aux médecins remplaçants ;
- Ordre : le médecin remplacé informe le conseil départemental de l’Ordre avant le remplacement, avec le contrat.
Bon à savoir
L’offre simplifiée de l’Urssaf est réservée aux médecins qui font uniquement des remplacements, sous un plafond de recettes annuel. Ses conditions et son taux sont détaillés dans notre tuto sur le statut social du remplaçant.
Au cabinet : facturer et prescrire
| Situation | Ce que vous faites |
|---|---|
| Feuilles de soins électroniques | Vous utilisez votre propre carte CPS. Aucun code particulier à indiquer. |
| Ordonnances | Celles du médecin remplacé, en indiquant votre qualité de remplaçant et votre nom. |
| Secteur 1 ou 2 | Vous avez le même statut que le remplacé : ses tarifs, son secteur. |
| Patients dont il est le médecin traitant | Ils restent dans le parcours de soins : ne cochez pas « médecin traitant remplacé ». |
| Déclaration de médecin traitant | Seul le médecin titulaire du cabinet peut la remplir et la signer. |
Aucun texte n’impose de tampon : le code de déontologie fixe les mentions des ordonnances (identité, adresse, téléphone, numéro RPPS, situation vis-à-vis de l’Assurance Maladie, spécialité), pas un cachet.
Les arrêts de travail
- la prescription se fait en ligne, par le téléservice e-AAT (amelipro ou logiciel métier) ; le formulaire papier sécurisé ne sert qu’en cas d’impossibilité ;
- depuis le 1er septembre 2026, un arrêt initial dure au plus 31 jours et chaque prolongation au plus 62 jours, sauf justification portée sur la prescription (hors accident du travail et maladie professionnelle) ;
- en téléconsultation, un arrêt est limité à 3 jours, sauf s’il est prescrit par le médecin traitant du patient ou par son remplaçant.
La téléconsultation
Le remplaçant suit les règles de tout médecin : patient orienté par son médecin traitant, médecin situé à proximité de son domicile, vidéo obligatoire, et pas plus de 20 % de l’activité à distance. La téléconsultation d’un généraliste est facturée 25 €.
Impôts et taxes : CFE, TVA, facturation électronique
| Ce qui s’applique au remplaçant | |
|---|---|
| CFE | Due même sans local, sur une base minimum votée par la commune. Pas de CFE l’année où vous commencez, puis base réduite de moitié la première année d’imposition. Exonération de la cotisation minimum si vos recettes ne dépassent pas 5 000 €. Paiement au 15 décembre. |
| TVA | Les soins sont exonérés, la rétrocession aussi. Sont soumis à la TVA : les expertises (pour un juge ou un assureur), le conseil aux laboratoires, l’esthétique sans but thérapeutique. |
| Facturation électronique | Pour vos soins, vous n’avez pas de facture électronique à émettre ; vous devez en revanche pouvoir recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs depuis le 1er septembre 2026. |
Attention
Le montant de la CFE varie fortement d’une commune à l’autre : renseignez-vous auprès de votre service des impôts des entreprises avant le 15 décembre.
Si vous tombez malade ou attendez un enfant
| Situation | Ce que vous percevez (valeurs 2026) |
|---|---|
| Arrêt maladie, du 4e au 90e jour | Indemnités de l’Assurance Maladie : 1/730e de votre revenu annuel moyen des 3 dernières années, au plus 197,51 € par jour, après 3 jours de carence et 12 mois d’affiliation. |
| Arrêt maladie, dès le 91e jour | Indemnités de la CARMF, de 65,84 € à 197,51 € par jour selon vos revenus, si vos cotisations sont à jour. |
| Maternité | Allocation forfaitaire de repos maternel de 4 005 €, et indemnités journalières forfaitaires de 65,84 €, après 6 mois d’affiliation et pour un arrêt d’au moins 8 semaines, dont 6 après l’accouchement. |
Pour couvrir les trois premiers jours et compléter ces montants, une prévoyance privée reste utile : voyez notre tuto sur l’assurance et la protection sociale du remplaçant.
À savoir
Ces informations sont générales et à jour à la date indiquée. Elles ne remplacent pas un conseil personnalisé : pour votre situation, rapprochez-vous de votre conseil départemental de l’Ordre, de l’Urssaf, de la CARMF, de l’administration fiscale ou d’un professionnel du chiffre.
Sources
- Les remplacements (ameli.fr, médecins)
- Ma carte CPS (Agence du numérique en santé)
- Article R.4127-79 du code de la santé publique : mentions des ordonnances (Légifrance)
- Dispositif médecin traitant (ameli.fr)
- Prescrire un arrêt de travail (ameli.fr)
- La téléconsultation (ameli.fr)
- Offre simplifiée médecin remplaçant (Urssaf)
- CFE et activité à domicile (impots.gouv.fr)
- Fiche CET 2026 (impots.gouv.fr)
- TVA des activités médicales (BOFiP)
- Rescrit : TVA de la rétrocession d’honoraires (BOFiP)
- Facturation électronique : qui est concerné ? (impots.gouv.fr)
- Arrêt maladie des professions libérales (ameli.fr)
- Chiffres clés 2026 (CARMF)
- Prestations maternité des praticiennes (ameli.fr)
Cet article est fourni à titre d'information générale, à la date de sa mise à jour. Il ne constitue ni un conseil juridique, ni un conseil fiscal, ni un conseil comptable. La Remplateforme ne saurait être tenue responsable de l'usage qui en est fait ; reportez-vous aux sources officielles et, au besoin, à un professionnel.